Dužnosti i odgovornosti Centralne jedinice za harmonizaciju (CJH ), su:

• Razvoj i sprovođenje strateških politika i dokumenata za razvoj finansijskog upravljanja i kontrole, i unutrašnje revizije, u skladu sa međunarodno prihvaćenim standardima i dobrim praksama EU;

• Izrada primarnog zakonodavstva i podzakonskih akata, priručnika, smernica i metodologije za upravljanje finansijama i  kontrolu, i unutrašnju reviziju;

• Izrada programa obuke u oblasti finansijskog upravljanja i kontrole i organizacije obuke;

• Izrada i upravljanje nacionalnih politika za obuku, sertifikaciju i kontinuirani profesionalni razvoj unutrašnjih revizora, u skladu sa međunarodnim praksama u oblasti unutrašnje revizije; kao i za organizaciju obuke;

• Pružanje konsultacija menadžerima i unutrašnjim revizorima subjekata javnog sektora u oblasti finansijskog upravljanja i kontrole i unutrašnje revizije;

• Praćenje i procena sistema upravljanja finansijama i kontrole u ​​cilju prikupljanja informacija za poboljšanje pravnog okvira i metodologije;

• Izrada i sprovođenje metodologjije obezbeđivanja kvaliteta za unutrašnju reviziju;

• Monitoring i kontrola kvaliteta, gde Centralnoj jedinici za harmonizaciju treba  omogućiti pristup svim potrebnim dokumentima javnih subjekata;

• Uspostavljanje i održavanje registra sertifikovanih unutrašnjih revizora, jedinica za unutrašnju reviziju, planova unutrašnje revizije i drugih relevantnih podataka;

• Priprema konsolidovanog godišnjeg izvještaja o funkcionisanju sistema unutrašnje  kontrole javnih finansija u subjektima javnog sektora na osnovu godišnjih izveštaja, primljenih od strane subjekata javnog sektora, kao i na osnovu rezultata monitoringa;

• Saradnja sa institucijama unutar i izvan Republike Kosovo u vezi sa sistemima upravljanja finansijama i kontrolom, unutrašnjom i spoljnom revizijom i razmenom informacija koje se odnose na razvoj ovih oblasti u javnom sektoru Kosova.

• Direktor Centralne jedinice za harmonizaciju podnosi nacrte strategije, dokumente o politikama, podzakonske akte, programe obuke i metodološke smernice ministru finansija na odobrenje.

• Saradnja između Ministarstva finansija i drugih subjekata koji pružaju obuku reguliše se Sporazumom o saradnji.

Sledeće divizije su deo ovog odeljenja:

• Centralna divizija za harmonizaciju za unutrašnju reviziju; i
• Centralna divizija za harmonizaciju za finansijsko upravljanje i kontrolu.