Detyrat dhe përgjegjësitë e Departamentit të Auditimit të Brendshëm janë:

• Ndërmerr auditime të rregullta dhe sistematike në Ministrinë e Financave dhe në Subjektet e Sektorit Publik (SSP) të cilat nuk i kanë të themeluara kapacitetet e auditimit të brendshëm në përputhje me Ligjin për Auditimin e Brendshëm;
• Bënë auditimin duke vlerësuar ekonomizimin, efikasitetin dhe efektivitetin e sistemeve të menaxhimit dhe të kontrollit të subjektit të audituar;
• Bashkëpunon me Komitetin e Auditimit të brendshëm të MF-së;
• Identifikon mangësitë substanciale në sistemin e menaxhimit dhe kontrollit të MF-së dhe të ofron rekomandime për përmirësimin e tyre;
• Ofron rekomandime për përmirësimin në ngritjen e ekonomizimit, efikasitetit dhe efektivitetit të veprimtarive të MF-së;
• Vlerëson procedurat financiare dhe operative për përshtatshmërinë e kontrollit të brendshëm dhe ofron këshilla dhe udhëzime në aspektin e kontrollit për politika të reja, sisteme, procese dhe procedura;
• Udhëheqësi i Departamentit të Auditimit të Brendshëm në aspektin operativ raporton tek Ministri, ndërsa në aspektin administrativ tek Sekretari i Përgjithshëm.
• Në kuadër të këtij Departamentit bëjnë pjesë Divizionet si vijon:
  
  - Divizioni për Auditimin e Brendshëm brenda institucionit; dhe
  
  - Divizioni për Auditimin e Brendshëm jashtë institucionit.